선천적인 이유로 뇌실 내 지주막하낭종과 같은 낭종이 생겨 뇌실을 막거나, 제3뇌실과 제4뇌실을 이어주는 중뇌수도관(aqueduct of Sylvius)이 막혀 수두증이 발생할 수 있다. 제4뇌실 내 낭종과 소뇌 발달 이상이 동반되는 댄디-워커(Dandy-Walker) 증후군도 영아에게 수두증을 초래하는 중요한 원인이다. 한편, 척수 수막류(myelomeningocele)가 있거나 키아리1형 기형(Chiari I malformation)이 있는 경우, 원인은 다소 불명확하나 뇌척수액 순환에 이상이 생겨 수두증이 흔히 나타난다.

후천척인 원인으로는 조산아가 뇌실 내 출혈이 있거나, 성인에서 뇌 지주막하 출혈이 있는 경우 수두증의 발생 빈도가 높다. 출혈로 응고된 혈액이 뇌실을 막거나 이 혈괴가 흡수되는 과정에서 지주막에 염증이 발생하여 뇌척수액 흐름에 장애가 생기는 것으로 생각된다. 뇌수막염과 같은 감염이 있는 경우 역시 지주막에 염증과 상처가 생기면서 수두증이 발생하기 쉽다. 뇌종양은 소아와 성인 모두 흔히 수두증을 동반하며 뇌종양의 치료와 수두증의 치료를 병행해야 하는 경우가 많다. 두부 외상에는 흔히 뇌출혈이 따르므로 역시 수두증이 생길 위험이 높다.